垂体功能低下的治疗有三方面：消除根本原因，治疗激素缺乏症，并解决由激素缺乏症引起的任何其他影响。

根本原因

垂体瘤引起特定症状，例如头痛，视野缺损或激素分泌过多时，需要进行治疗。经蝶窦手术（通过鼻子和蝶窦手术切除肿瘤）除了可以解决与肿瘤有关的症状外，还可以改善垂体功能，尽管手术有时会进一步损害腺体。当通过开颅手术（打开颅骨）切除肿瘤时，恢复的可能性较小，但是有时这是接近肿瘤的唯一合适方法。手术后，可能需要一段时间才能使激素水平发生明显变化。因此，在2至3个月后重新测试垂体激素水平。

催乳素瘤可能对多巴胺激动剂治疗产生反应，这种治疗模仿了多巴胺对泌乳激素细胞（通常是溴隐亭或卡麦角林）的作用。这种方法可以在一半以上的病例中改善垂体激素的分泌，并且不需要补充治疗。

其他特定的根本原因也被视为正常原因。例如，血色素沉着病可以通过静脉穿刺术来治疗，定期清除固定量的血液。最终，这降低了体内的铁含量，并改善了铁在其中积累的器官的功能。

激素替代

大多数垂体激素可通过施用效应腺的产品而间接替代：氢化可的松（皮质醇）用于肾上腺功能不全，左甲状腺素用于甲状腺功能减退，睾丸激素用于男性性腺功能减退，雌二醇用于女性性腺功能减退（通常与孕激素一起使用以抑制对子宫的不良作用））。生长激素可以合成形式获得，但需要胃肠外给药（注射）。抗利尿激素可以用去氨加压素（DDAVP）片剂或鼻喷雾剂代替。通常，替换药物的最低剂量用于恢复健康并纠正精神错乱的结果，因为过量的剂量会引起副作用或并发症。通常需要氢化可的松的患者在身体压力较大的事件中（例如，受伤，住院和牙科工作）增加剂量，因为这是正常补充剂量不足的时期，使患者处于患上肾上腺危机。

已知垂体功能低下的患者通常需要内分泌学专家进行长期随访。除了确保以正确的剂量使用正确的治疗方法外，这还提供了应对新症状和解决治疗并发症的机会。

患有不育症的人（男性和女性）的下丘脑-垂体-性腺轴缺乏症引起了困难的情况；垂体功能低下的不孕症可以通过皮下注射FSH，人绒毛膜促性腺激素（模仿LH的作用）和偶尔的GnRH来治疗。