全垂体功能减退也必须与某些其他疾病鉴别，包括神经性厌食症，慢性肝病，肌强直性营养不良，多腺体自身免疫病。神经性厌食的临床特征（一般见于女性）通常可作出诊断。症状包括恶病质，对食物和体形观念异常，尽管闭经，但第二性征仍然存在，GH和皮质醇基础水平一般增加。因为下丘脑病变可以使控制食欲中枢障碍，疑有神经性厌食病人，应作X线蝶鞍检查。

酒精性肝硬化或血色病有睾丸萎缩伴全身虚弱时，常常疑及垂体功能减退。然而，多数情况下可以发现潜在的原发病，经实验室检查可以排除垂体功能减退。这些病尸解，罕见有广泛的垂体功能障碍形态学依据。

肌强直性营养不良病人主诉为进行性肌无力，早秃，白内障，提示早衰面容；男性可有睾丸萎缩。内分泌检查可排除垂体功能减退。

多腺体自身免疫病，通常有两种或更多内分泌激素缺乏。假如这些是垂体靶腺激素，应当考虑为垂体源性。测定有关垂体激素将证明垂体功能正常，除非淋巴细胞性垂体炎是综合征的组成部分