疱疹病毒性脑炎可采用大剂量静脉注射阿昔洛韦治疗，在1小时内输注10mg/kg（成人）可避免肾功能衰竭。未经治疗，约70%的病例HSE导致快速死亡；幸存者遭受严重的神经损伤。在接受治疗时，三分之一的患者的HSE仍然是致命的，并且在半数以上的幸存者中造成严重的长期神经损伤。接受治疗的病人中有20%恢复了轻微损伤。只有少数未经治疗的幸存者（2.5%）恢复了完全正常的大脑功能。科学文献中的许多健忘症病例都有涉及HSE的病因。

早期治疗（在症状出现后48小时内）可提高良好恢复的机会。很少，接受治疗的人会在几周到几个月后复发感染。有证据表明，单纯疱疹引发的异常炎症可导致脑内肉芽肿性炎症，对类固醇有反应。虽然疱疹病毒可以传播，但脑炎本身并不具有传染性。

早期治疗一般以抗病毒药物治疗、免疫治疗、激素治疗、抗菌治疗，以及对症支持治疗等。

抗病毒药物例如：阿昔洛韦、更替洛韦；免疫药物如：干扰素、转移因子；肾上腺皮质激素：地塞米松、甲泼尼龙、泼尼松等；抗菌药物可以选用合适的抗生素；对症支持治疗常包括：营养支持、维持水电解质平衡、保持呼吸道通畅、物理降温、脱水降颅内压等。

高热、抽搐、精神错乱、躁动不安者，应给予物理降温，止抽搐、镇静处理。

昏迷者，应注意呼吸道通畅，水、电解质平衡，保持营养，口腔清洁，防止褥疮、肺部及泌尿系感染。可小剂量输血、人血白蛋白或复方氨基酸等。

恢复期可以理疗、按摩、针炙等帮助肢体功能恢复。