治疗肛瘘有几个阶段：
瘘管的明确治疗旨在阻止其复发。治疗取决于其中瘘谎言，和的哪些部分内部和外部肛门括约肌它穿过。
·瘘口先张开，此选项涉及将瘘口切开的操作。瘘管放开后，将在短时间内每天打包，以确保伤口从内向外愈合。这种选择会留下疤痕，并且取决于瘘管相对于括约肌的位置，可能导致失禁的问题。此选项不适用于贯穿整个内，外肛门括约肌的瘘管。
·切开：如果瘘管处于较高位置，并且穿过括约肌的大部分，则可以使用切开on（来自拉丁语 seta，“鬃毛”）。这涉及将一根细管穿过瘘管插入，然后将两端在体外绑在一起。随着时间的流逝，seton逐渐变紧，逐渐切开括约肌并逐渐愈合。此选项可最大程度地减少疤痕，但在少数情况下（主要是肠胃气胀）可引起大小便失禁。一旦瘘管处于足够低的位置，可以将其放开以加快该过程，或者可以将seton保持在原位，直到瘘管完全治愈。这是医师在古埃及和正式编纂希波克拉底，谁用马鬃和床单。
·Seton针：一段缝合线穿过瘘管，使其保持打开状态，并允许脓液排出。在这种情况下，该塞顿被称为排水塞顿。针脚靠近肛门直肠环放置–可以促进愈合，并使进一步的手术变得容易。
·腓肠切开术：直到肛门直肠环
·结肠造口术：可以治愈
·纤维蛋白胶注射是近年来探索的一种方法，并取得了不同的成功。它涉及向瘘管注入可生物降解的胶水，理论上应从内向外封闭瘘管，并使其自然愈合。最好在所有其他方法之前尝试此方法，因为如果成功，它将避免失禁的风险，并为患者带来最小的压力。
·瘘管堵塞包括用由小肠粘膜下层制成的装置堵塞瘘管。瘘管插头通过缝合从肛门内部定位。根据一些消息来源，这种方法的成功率高达80％。与可能需要多次住院的分阶段手术相反，瘘管瘘手术仅需要住院约24小时。目前，在美国有两种不同的由美国FDA批准的肛瘘瘘塞用于治疗直肠直肠瘘。该治疗方案不存在任何肠道失禁的风险。在Pankaj Garg博士发表的系统评价中，瘘管塞的成功率为65–75％。
·子宫内膜前移皮瓣是确定瘘管内部开口并在开口处切开粘膜组织皮瓣的手术。提起皮瓣露出瘘管，然后将其清洗并缝合内部开口。在切开内部开口所在的折板端部之后，将折板向下拉到缝制的内部开口上并缝合到位。清洁并缝合外部开口。成功率是可变的，并且高复发率与先前纠正瘘管的尝试直接相关。
LIFT技术是通过括约肌间瘘管结扎术的一种新的改良方法，可通过括约肌间平面治疗肛瘘。LIFT程序基于通过括约肌间入路安全封闭内部开口并去除感染的隐腺组织。手术的基本步骤包括：在括约肌沟内切开，识别括约肌间，结扎括约肌靠近内部开口并切除括约肌，刮除瘘管其余部分的所有肉芽组织，以及缝合外括约肌的缺陷。该手术由泰国结直肠外科医师Arun Rojanasakul开发，该手术的初步治愈结果首次报道是2007年为94％。结扎括约肌间瘘管并不能改善直肠内前进皮瓣后的结局。
·瘘管夹闭合术（OTSC Proctology）是最新的外科手术技术，包括用镍钛合金（OTSC）制成的超弹性夹子闭合瘘管内部。在手术过程中，用特殊的瘘刷对瘘管进行清创，并在预加载的夹子施加器的帮助下对夹子进行肛门穿刺。该技术的手术原理依赖于超弹夹对内瘘开口的动态压缩和永久闭合。因此，瘘管变干并愈合，而不是通过连续喂食粪便和粪便生物而保持开放状态。这种微创括约肌保护技术是由德国外科医生Ruediger Prosst开发并在临床上实施的。夹子闭合技术的第一批临床数据显示，先前未治疗的瘘管成功率达90％，复发性瘘管成功率达70％。
·完善程序是用于治疗复杂和高度复杂的阳极瘘的武器库中的另一种最新功能。这是最少的切割程序，因为肛门括约肌（内部和外部括约肌）都没有被切割/损坏。因此，失禁的风险最小。PERFACT程序（近端浅表烧灼，定期排空瘘管和刮除刮宫）需要两个步骤：在内部开口及其周围对粘膜进行浅表烧灼，并保持所有管道的清洁。原理是通过肉芽组织永久性地封闭内部开口。这是通过在内部开口处及其周围进行表面电灼并随后使伤口因次要目的而愈合而实现的。这种手术的早期结果对于复杂的肛瘘（86。在高度复杂的肛瘘中占4％）。即使在与脓肿相关的瘘管，肛门上腔内瘘和内部开口不可定位的瘘管中，该手术也有效。