1.直肠指诊：在内口处有轻度压痛，少数可扪到硬结。探针检查，只在治疗中应用，一般不能作为诊断用，防止穿破瘘管壁，造成假内口。X线造影，自外口注入30%～40%碘油，照相可见瘘管分布，多用于高位肛瘘及蹄铁形肛瘘。

2.影像学检查：Yang(1993)对临床疑有肛管直肠脓肿或瘘管17例，6例临床上疑有脓肿，肛管超声AUS检查也有脓肿表现;另外82%(9/11)AUS查出有瘘管，而临床常规检查未能发现。Lunniss(1994)对比了AUS及磁共振成像检查，认为前者对括约肌间瘘有时有确诊价值，而无法确诊括约肌外瘘及经括约肌瘘，而后者对复杂性高位肛瘘，蹄铁型肛瘘及临床难以确诊的疑难病例有绝对的优越性和准确率。