肛瘘常有肛周脓肿自行溃破或切开排脓的病史，此后伤口经久不愈，成为肛瘘外口。主要症状是反复自外口流出少量脓液，污染内裤;有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感。若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通。如瘘管引流通畅，则局部无疼痛，仅有轻微发胀不适。

目前多按肛管与括约肌的关系将肛瘘分为4类。

1、括约肌间肛瘘

多为低位肛瘘，最常见，约占70%，为肛管周围脓肿的后果。瘘管只穿过内括约肌，外口常只有一个，距肛缘较近，约3～5cm。少数瘘管向上，在直肠环肌和纵肌之间形成盲端或穿入直肠形成高位括约肌间瘘。

2、经括约肌肛瘘

可以为低位或高位肛瘘，约占25%，为坐骨直肠窝脓肿的后果。瘘管穿过内括约肌、外括约肌浅部和深部之间，外口常有数个，并有支管互相沟通。外口距肛缘较近，约5cm左右，少数瘘管向上穿过肛提肌到直肠旁结缔组织内，形成骨盆直肠瘘。

3、括约肌上肛瘘

为高位肛瘘，少见，占5%。瘘管向上穿过肛提肌，然后向下至坐骨直肠窝穿透皮肤。由于瘘管常累及肛管直肠环，故治疗较困难，常需分期手术。

4、括约肌外肛瘘

最少见，占1%，为骨盆直肠脓肿合并坐骨直肠窝脓肿的后果。瘘管穿过肛提肌直接与直肠相通。这种肛瘘常由于克隆病、肠癌或外伤所致，治疗要注意其原发病灶。以上分类在高低位方面较细致，有利于手术方法的选择。

如肛管左右侧均有外口，应考虑为“蹄铁型”肛瘘。这是一种特殊型的贯通括约肌肛瘘，也是一种高位弯型肛瘘，瘘管围绕肛管，由一侧坐骨直肠窝通到对侧，成为半环型，如蹄铁状故名。在齿线附近有一内口，而外口数目可多个，分散在肛门左右两侧，其中有许多支管，向周围蔓延。蹄铁型肛瘘又分为前蹄铁型和后蹄铁型两种。后者多见，因肛管后部组织比前部疏松，感染容易蔓延。

外口呈乳头状突起或肉芽组织的隆起，压之有少量脓液流出，低位肛瘘常只有一个外口，若瘘管位置较浅，可在皮下摸到一硬索条，自外口通向肛管。高位肛瘘位置常较深，不易摸到瘘管，但外口常有多个。由于分泌物的刺激，肛周皮肤常增厚及发红。