Gardner综合征与位于常染色体5q21⁃q22的APC基因特定区域的突变有关。这些基因突变形成功能有缺陷的蛋白,从而引起疾病发生。另一与其关系密切的基因是MYH(1p34.3⁃p32.1),但APC基因突变后的临床表现要比MYH基因改变所引起的临床表现的程度要重点,肠道外的临床症状几乎全是APC基因的空变造成。基因的突变也与上皮肿瘤的发生有关。虽然大部分的病例都显示了家族聚集性,但也有1/3的患者属于自发突变。