阿米巴病的传播，主要是摄入被溶组织内阿米巴包囊污染的食物所致。蝇及蟑螂等昆虫亦可作媒介。
预防阿米巴病必须保护水源，扑灭苍蝇、蟑螂，注意饮食卫生，不吃生冷蔬菜，不喝生水，饭前便后洗手，杜绝阿米巴包囊传播的机会。溶组织内阿米巴常隐伏于肠腺窝和绒毛间隙之冋，肠腔和组织内的药物不易发挥作用，故常难根治而迁延寄居。抗阿米巴用药需针对原虫的生物特性，注意选择与配伍、给药途径、剂量及疗程，并加强宿主防御功能。
对无症状的阿米巴携带者亦需彻底治疗，消灭肠道寄生的病原体，杜绝传染源，防止后患。
