HPV感染主要需要与症状相似的各种疾病进行鉴别诊断，通过组织病理学检查以及HPV-DNA检测一般不难鉴别。

·生于足部的寻常疣（跖疣）需与鸡眼、胼胝鉴别；

·尖锐湿疣需与假性湿疣、阴茎珍珠状丘疹、扁平湿疣、鲍温样丘疹病鉴别；

·鲍温样丘疹病需与脂溢性角化、尖锐湿疣、痣细胞痣、鲍温病等鉴别；

·HPV引起的外阴鳞状上皮内病变则需要与其他病因（如外阴湿疹、外阴白色病变、痣、棘皮瘤等）引起的外阴鳞状上皮内病变进行鉴别。