已经鉴定出170多种HPV类型，并用数字表示。 它们可以分为“低风险”和“高风险”类型。低风险类型会导致疣，高风险类型会导致病变或癌症。

宫颈检查

美国癌症协会（American Cancer Society）的指南建议根据年龄，筛查史，危险因素和可用测试的选择来筛查宫颈癌。由于HPV与子宫颈癌之间存在联系，因此ACS目前建议通过巴氏涂片检查在主要具有宫颈细胞学检查的中等风险无症状成年人中早期发现子宫颈癌，而与HPV疫苗接种状况无关。30-65岁的女性最好每5年接受HPV和Pap检测。在其他年龄组中，除非已被诊断出具有非确定意义的非典型鳞状细胞（ASC-US），否则仅进行Pap检测即可。建议同时进行Pap测试和HPV测试，因为这样可以减少假阴性率。根据美国国家癌症研究所的说法，“最常见的检测方法是检测几种高危HPV类型的DNA，但无法识别存在的类型。另一项检测是针对HPV 16型和18型的DNA，这是导致大多数与HPV相关的癌症；第三项检测可以检测几种高危HPV类型的DNA，并可以指示是否存在HPV-16或HPV-18；第四项检测可以检测最常见的高危HPV类型的RNA。可以在细胞异常明显之前检测出HPV感染。

“从理论上讲，HPV DNA和RNA检测可用于鉴定从人体任何部位获取的细胞中的HPV感染。但是，FDA批准了该检测仅用于两种适应症：对似乎患有肝癌的妇女进行后续检测。异常的子宫颈抹片检查结果，并结合30岁以上女性的子宫颈抹片检查进行宫颈癌筛查。”

口腔测试

美国预防服务工作队和美国牙科协会对口咽癌进行筛查的指南建议进行常规的目视检查，但是由于口咽的某些部位很难看清，因此通常仅在后期才能检测到这种癌症。

口咽癌的诊断是通过对脱落的细胞或组织进行活检来进行的。在国家综合癌症网络和美国病理学家学院建议在口咽癌测试的HPV。但是，尽管建议进行测试，但目前美国FDA没有建议使用特定类型的测试来检测口腔肿瘤中的HPV。由于HPV 16型是口咽癌中最常见的类型，因此p16 免疫组织化学是用于确定HPV是否存在的一种测试方法，由于p16阴性的肿瘤有较好的预后，因此可以帮助确定治疗的过程。HPV DNA 原位杂交（ISH）已成为一种可靠的选择，它可以显示HPV。