结肠镜检查可以检测出3–5mm的小溃疡，但由于这些区域之间的粘膜看起来既健康又发炎，因此可能难以诊断。滋养层可在溃疡边缘或组织内用特异性抗E抗体进行免疫组化染色。

通常通过发现粪便中脱落的囊肿来诊断无症状的人类感染。已经开发出各种浮选或沉降程序以从粪便中回收囊肿，并且污渍有助于可视化分离的囊肿以进行显微镜检查。由于囊肿不能持续脱落，因此至少要检查三次粪便。在有症状的感染中，运动型（滋养体）经常出现在新鲜的粪便中。血清学检测是存在的，大多数感染者（无论是否有症状）检测出抗体阳性。肝脓肿患者的抗体水平高得多。血清学仅在感染后约两周转为阳性。最近的发展包括检测粪便中变形虫蛋白存在的试剂盒，以及检测粪便中变形杆菌DNA的试剂盒。这些测试由于费用昂贵而未被广泛使用。

迄今为止，显微镜检查仍是世界上最广泛的诊断方法。但是，它在诊断方面不如其他可用测试灵敏或准确。它区分是重要溶组织内阿米巴从非致病性肠原生动物囊肿如囊肿内阿米巴大肠杆菌通过其外观。溶组织内阿米巴孢囊具有最多四个核，而共生内阿米巴大肠杆菌囊肿具有多达8个核。另外，在溶组织内阿米巴，所述内体的中心位于细胞核内，而它通常偏离中心是阿米巴大肠杆菌。最后，溶组织内阿米巴包囊中的染色质体呈圆形，而大肠内阿米巴包囊中的染色质体呈锯齿状。但是，其他物种，Entamoebadispar和E.moshkovskii在显微镜下无法与组织溶性阿米巴分开。由于E.dispar是比溶组织内阿米巴在世界大部分地区更为常见，这意味着有很多不正确的诊断的溶组织阿米巴感染的发生。世卫组织建议，如果无症状，仅凭显微镜诊断的感染就不应进行治疗，也没有其他理由怀疑感染实际上是溶组织性大肠杆菌。在显微镜下检测囊肿或滋养体粪便可能需要在几天内检查几个样品以确定它们是否存在，因为囊肿是间歇性脱落的，可能不会出现在每个样品中。

（早期的囊肿只有一个核，可见糖原团（棕褐色））

血清学试验是在通过检测感染有用溶组织内阿米巴，如果生物体进入肠外和从其他病症的诊断不包括生物体。卵与寄生虫（O＆P）测试或溶组织大肠杆菌粪便抗原测定是肠道感染的适当测定。由于抗体在临床治愈后可能会持续数年，因此血清学阳性结果不一定表示感染活跃。

粪便抗原检测测试有助于克服粪便显微镜检查的某些局限性。抗原检测测试易于使用，但灵敏度和特异性却各不相同，尤其是在低流行地区。

聚合酶链反应（PCR）被认为是诊断的金标准，但仍未得到充分利用。