1、新生儿疾病筛查
新生儿哺乳3〜7天，针刺足跟采集外周血，滴于专用采血滤纸上，晾干后即寄送至筛查实验室，进行苯丙氨酸浓度测定。如Phe浓度大于切割值，应进行进一步检查和确诊。
2、苯丙氨酸浓度测定
正常浓度<120umol/L，经典型PKU>1200umol/L，中度PKU>360umol/L~<1200umol/L，轻度HPA>120umol/L~<360umol/L。
3、尿蝶呤图谱分析
主要用于BH4缺乏症的鉴别诊断。尿蝶吟谱采用高压液相分析尿中新蝶呤和生物蝶呤。尿蝶呤图谱分析显示异常者需进一步确诊。
4、DHPR活性测定
二氢生物蝶啶还原酶缺乏症时该酶活性明显降低。
5、DNA分析
目前对苯丙氨酸羟化酶、6-丙酮酰四氢蝶呤合成酶、二氢生物蝶啶还原酶等基因缺陷都可用DNA分析方法逬行基因突变检测，进行基因诊断和产前诊断。
