大约10%的人出现传染性单核细胞增多症的临床表现，没有急性Epstein-Barr病毒感染。急性传染性单核细胞增多症的鉴别诊断需要考虑急性巨细胞病毒感染和弓形虫感染。因为他们的管理大致相同，所以区分Epstein-Barr病毒单核细胞增多症和巨细胞病毒感染并不总是有帮助或可能的。然而，在孕妇中，单核细胞增多症与弓形虫病的分化很重要，因为它与胎儿的重大后果有关。

急性HIV感染可以模仿类似于传染性单核细胞增多症的症状，并且应该出于与弓形虫病相同的原因对孕妇进行测试。

传染性单核细胞增多症患者有时被误诊为链球菌性咽炎（由于发烧，咽炎和腺病的症状），并给予抗生素如氨苄青霉素或阿莫西林作为治疗。

区分传染性单核细胞增多症的其他病症包括白血病，扁桃体炎，白喉，感冒和流感（流感）。