细菌过度生长通常用一疗程的抗生素治疗，尽管抗生素是否应作为一线治疗尚有争议。一些专家建议将益生菌作为一线治疗，而对于更严重的SIBO病例则保留抗生素作为二线治疗。促动性药物是其他选择，但对人体的研究有限。使用了多种抗生素，包括四环素，阿莫西林-克拉维酸盐，甲硝唑，新霉素，头孢氨苄和甲氧苄氨嘧啶-磺胺甲基异恶唑。但是，最好的证据是使用利福昔明。

一个星期的抗生素疗程通常足以治疗该病。但是，如果病情复发，则可以周期性地给予抗生素以防止耐受。例如，可以给予抗生素一周，然后停用抗生素三周，然后再进行一周的治疗。或者，可以循环使用抗生素。

还应治疗使患者易于细菌过度生长的疾病。例如，如果细菌过度生长是造成慢性胰腺炎，患者应用涂覆处理胰腺酶补充剂。

如果存在IBS或运动问题，建议两餐之间等待4-5小时，以使迁移的运动复合体的 III期激活。

益生菌是细菌制剂，可改变肠道细菌群，从而产生有益作用。动物研究表明，益生菌具有增强屏障，抗菌，免疫调节和消炎的作用，可能对人类SIBO的治疗具有积极作用。已经发现干酪乳杆菌在治疗6周后可有效改善呼吸氢分数，可能是通过抑制发酵细菌的小肠细菌过度生长而实现的。发现多菌株制剂VSL＃3可有效抑制SIBO。植物乳杆菌，嗜酸乳杆菌，和干酪乳杆菌在SIBO的治疗和管理中均已证明有效。相反，已发现发酵乳杆菌和布拉氏酵母是无效的。已发现植物乳杆菌和鼠李糖乳杆菌的组合可有效抑制小肠中异常产气生物的细菌过度生长。

益生菌在治疗SIBO方面优于抗生素。已发现，与使用甲硝唑的疗法相比，结合益生菌菌株产生的效果更好，并且已发现益生菌可有效治疗和预防罹患后遗症的个体的继发性乳糖酶缺乏症和小肠细菌过度生长。 -传染性肠易激综合症。在简单的SIBO病例中服用益生菌通常可以导致个体无症状。可能需要连续进行益生菌治疗，以防止产气细菌过度生长的恢复。益生菌酸奶生产商雀巢（Nestlé）的一项研究发现，益生菌酸奶也可能有效治疗SIBO，并有4周治疗后炎症减轻的证据。

一个要素饮食已被证明是消除SIBO用了两个星期的饮食表明80％的疗效和三个星期的饮食示范85％的效果非常有效。基本饮食是通过为个体提供营养同时剥夺细菌的食物来源而起作用的。其他治疗选择包括使用促动力药物（例如5-HT4受体激动剂或胃动素激动剂）来延长元素饮食或抗生素治疗后的SIBO游离期。饮食中某些不含细菌的食物可以帮助缓解症状。例如，如果症状是由于食用难以消化的富含碳水化合物的食物而导致细菌过度生长而引起的，则遵循FODMAP限制饮食可能会有所帮助。

一、一般治疗

1.禁食3～5日，观察病情变化。

2.输液纠正水电解质平衡紊乱。

3.给予抗生素预防感染。

二、手术治疗

经保守治疗无效，改回结肠吻合的逆蠕动为顺蠕动。肠袢式吻合，可拆除后掉转方向缝合。如双端吻合，将近端回肠与结肠吻合口拆除，封闭结肠吻合口，在远端回肠与结肠吻合的远端5cm左右的结肠上行回结肠吻合。