细菌过度生长的诊断可以由医师以各种方式做出。吸收不良可以通过称为D-木糖测试的测试来检测。 木糖是不需要酶被消化的糖。所述d-木糖试验涉及具有患者喝d木糖一定量，并测量在水平尿和血液 ; 如果在尿液和血液中没有D-木糖的迹象，则表明小肠不能正常吸收（与消化所需的酶有关）。

检测细菌过度生长的金标准是每毫升小肠要吸入10⁵个细菌。正常的小肠每毫升细菌少于10⁴个。但是，一些专家认为期望超过10³如果菌群主要是结肠型细菌，则为阳性，因为这些类型的细菌在小肠中被认为是病理性过多。由于SIBO可能不完整且可重复性可能低至38％，因此在SIBO诊断中可靠性的可靠性受到质疑。呼气测试有其自身的可靠性问题，误报率很高。一些医生将患者对治疗的反应作为诊断的一部分。

细菌过度生长的小肠活检可以模仿乳糜泻，并伴有部分绒毛萎缩。

已经开发了呼吸测试来测试细菌的过度生长。这些测试基于碳水化合物从细菌到氢，甲烷或硫化氢的新陈代谢，或者基于对通常不代谢的碳水化合物消化副产物的检测。氢呼气测试包括让患者禁食至少12小时，然后让他们喝通常为葡萄糖或乳果糖的底物，然后通常在几个小时的时间内测量呼出的氢和甲烷浓度。在诊断细菌过度生长方面，它与空肠抽吸物相当。Carbon-13（13 C）和基于D-木糖的细菌代谢的检测也是基于碳14（14 C）的测试。升高的细菌浓度也与胆汁酸的去结合有关。糖胆酸呼气试验包括胆汁酸14C糖胆酸的施用和14CO2的检测，这在细菌过度生长中会升高。

验血可能会检查抗CdtB和抗Vinculin生物标志物，这些标志物具有高度特异性，但敏感性较低，因此可以排除但不排除诊断。

一些出现细菌过度生长症状的患者将接受上内镜检查，或用内窥镜照相机观察胃和十二指肠。细菌过度生长的小肠活检可以模仿乳糜泻的活检，使诊断更具挑战性。发现包括钝的绒毛，隐窝增生和数量的增加淋巴细胞在固有层。

MR小肠造影可以在不使用放射线的情况下检测出小肠狭窄。如果未发现狭窄，则可以使用胶囊内窥镜检查肠道通行时间。十二指肠肛门测压法也可用于评估运动能力。但是，对于患者而言，这是一项更困难的测试，并且普及程度不高。

但是，一些医生建议，如果对细菌过度生长的怀疑足够高，最好的诊断测试就是治疗试验。如果症状改善，可以对细菌过度生长做出经验性诊断。

1.X线检查

腹部平片，可见扩张的肠管（梗阻病变近端肠管）。小肠造影：显示钡剂从吻合口逆行进入旷置的肠管，并且有一部分通过狭窄部位逆行进入旷置的近端肠管，然后再由顺蠕动将钡剂推入吻合口远端，或逆蠕动到吻合部位。

2.B型超声 

可探及原结肠病变部位及其近端扩张的肠管。