细菌过度生长会引起多种症状，许多其他症状也会在其他情况下发现，这使诊断有时具有挑战性。许多症状是由于细菌代谢营养物或引起小肠发炎，损害吸收而导致的营养物吸收不良。细菌过度生长的症状包括恶心，肠胃胀，便秘，腹胀，腹胀，腹痛或不适，腹泻，疲劳和虚弱。SIBO也会增加小肠的渗透性。有些患者可能会减肥。细菌过度生长的儿童可能会出现营养不良，难以正常成长。脂肪泻，腹泻的粘性类型，其中的脂肪不能正常吸收，溢出到大便，也可发生。

长期细菌过度生长的患者可能由于营养吸收不良而出现疾病并发症。贫血可能是由多种机制引起的，因为参与受影响的小肠吸收了许多与红细胞产生有关的营养。 铁在小肠，十二指肠和空肠的更近端被吸收，铁吸收不良的患者会发展为小红细胞性贫血。维生素B 12在小肠，回肠和吸收维生素B 12的患者的最后部分被吸收会发展成具有大红细胞的巨幼细胞性贫血。在老年人中，小肠细菌过度生长与腹泻的频率更高，体重指数较低以及血清白蛋白浓度明显降低有关。