调节激素水平

桥本氏甲状腺炎引起的甲状腺机能减退症通常使用甲状腺激素替代的方法进行治疗，常见的替代激素物质有左旋甲状腺激素, 三碘化甲腺氨酸 or 脱水甲状腺提取物。 这些药物可以将甲状腺激素维持在正常水平。绝大多数病例需要终生服药。对于由桥本氏甲状腺炎引起的甲状腺机能减退症，建议维持TSH水平在3.0以下。

硒

尽管现有的成人甲状腺机能减退症医学指导没有指出需要补充硒，但一些研究显示，常规药物辅助硒的治疗，可以减缓疾病进展相关的指标。作为食物补充，FDA（美国食品药品监督管理局）建议成人每天补充至少55μg的硒，每天补充上限不超过400μg.

低水平激光疗法

根据2013年发表的一项研究显示， 近红外低水平激光疗法在II期临床实验中能够有效提升甲状腺功能。

手术治疗

通常不需要进行手术治疗。

对于经药物治疗后甲状腺肿大仍明显、产生压迫症状、影响美观或是怀疑合并有甲状腺癌者，考虑手术。术后患者往往发生甲减，可能需要L-T4长期替代治疗。