基因表达异常

在桥本氏甲状腺炎患者中，常见家族甲状腺机能紊乱病史。在英国，HLA-DR5 基因的出现与发病有3级的强相关性。并且桥本氏病可能与CTLA-4 （细胞毒性T淋巴细胞抗原-4） 基因多态导致的基因产物表达功能缺失，进而导致T细胞负调控有关。

I型糖尿病

受下调基因多态影响的CTLA4基因与I型糖尿病的发展也有关。

遗传因素

在同卵双胞胎的研究中，基因的强相关一致性达到38-55%，对于无临床症状表现的循环甲状腺抗体相关一致性高达80%，这两个情况在异卵双胞胎实验中均没有被观察到，由此证明此病病因有高遗传性。

环境因素

可预防的环境因素，包括碘摄入量高，缺硒,传染病，某些药物，可以使桥本氏病基因易感人群发病。在不同民族的基因变化会导致以下染色体疾病发病增加，包括特纳综合症，唐氏综合症，克氏综合症等与甲状腺球蛋白抗体和甲状腺过氧化物酶抗体相关的疾病。 持续的损耗这些细胞，例如细胞毒性免疫会有较高可能性引发甲状腺机能减退症，表现为甲状腺素T4T3缺乏，对应的促甲状腺激素TSH水平升高。

其它

最近的研究显示HHV-6（可能是A型）基因在触发桥本氏甲状腺炎中有潜在的作用。

桥本氏甲状腺炎的发展有多种可能的病理机制。

可能存在多种抗体对抗甲状腺过氧化物酶, 甲状腺球蛋白和TSH受体，尽管小部分患者体内没有这些抗体的存在。一系列双胞胎实验显示，百分之一的人群中可能存在上述抗体但是并没有表现出桥本氏甲状腺炎的症状。然而，与抗体相关的细胞介导的细胞毒作用仍然是桥本氏甲状腺炎导致的细胞凋亡的主要因素。受助T细胞（CD4+ T-cells）激活的作用，激活的毒性T细胞（CD8+ T-cells）是甲状腺损伤的核心因素。作为IV型过敏反应type IV hypersensitivities的特征，巨噬细胞通过助T细胞的激活Th1在甲状腺组织内产生炎症细胞因子，进而存进巨噬细胞在甲状腺内的活动和迁移。

甲状腺发生肉眼可见的变化，看上去产生结核状和不规则的增大，但不是弥漫性的类似于甲亢一样的增大。虽然隔膜完好，腺体本身仍然和周围组织相隔离开，显微检查可以看到更明显的损伤迹象。

从组织学来说，弥漫性的淋巴浸润可以看作过敏反应，特别是血浆B细胞plasma B-cells，可以看作二级淋巴滤泡（生发中心, 不要与正常的胶体填充的甲状腺滤泡follicles相混淆。萎缩的胶体在何氏细胞Hürthle cells傍边排列。何氏细胞具有大量的嗜酸性eosinophilic, 粒状细胞质, 由构成甲状腺滤泡的正常的立方上皮细胞发生变形产生。 严重的甲状腺萎缩通常伴随在甲状腺囊范围内出现胶原蛋白构成的致密纤维带。

桥本病进展阶段

·早期，甲亢期

程度轻时病人仅有轻度的甲亢症状，如食欲好、容易累、轻度失眠、烦闷急躁等。程度重时，则会出现明显的甲亢症状，稍服治甲亢的药即可获良好效果，但也容易出现药物性甲低。也有的患者因炎症的减轻，不治而“自愈”。疗效好，复发率高是本阶段的特点。

·中期，甲亢甲低并存期

甲状腺组织经多次、反复的破坏，有正常功能的细胞逐渐减少，减到一定程度就出现甲低症状了。这时期还有一个特点，患者有甲亢症状，但化验指标会稍高或正常。

·晚期，甲低期

分泌的甲状腺素更加减少，临床上已是甲低表现了。桥本氏甲状腺炎患者补充甲状腺素后，化验指标虽然正常，很多人却时时感觉不舒适，有时还会感觉有甲亢症状。值得注意的是，也有一部分患者因感染的加重出现甲亢指标和甲亢症状，有些着述称之为“甲低转甲亢”。临床上，乔本氏甲状腺炎患者的每一次甲亢的出现，都预示着甲低的进一步加重。

在桥本氏甲状腺炎的发展过程中，早期并非没有特殊感觉，只是这些感觉没有被患者重视，未去就医。虽然有的桥本氏甲状腺炎患者在早期或中早期有甲亢的指标和症状，但绝不能施以手术或同位素治疗，这样会使患者极快地成为较重的甲低。桥本氏甲状腺炎早期会出现甲亢症状，晚期又会出现甲低症状，在诊断时，就有人诊断为“桥本氏病伴甲亢”、“乔本氏病伴甲低”。

在治疗上要注意桥本氏甲状腺炎疾病的特点，这样可以避免误诊，在早期的桥本氏甲状腺炎患者一定要尽早治疗，不要耽误治疗的大好时机。