病毒性肺炎中，最常见的是流行性感冒病毒。病毒必须侵入细胞才能繁殖。通常情况下，病毒会通过吸入通过口鼻飞沫到达肺部。在那里，病毒侵入气道和肺泡的细胞。这种侵袭常常通过病毒的直接杀灭或通过细胞凋亡的自我破坏导致细胞死亡。

当免疫系统对感染作出反应时，肺部会进一步受损。白细胞，特别是淋巴细胞，负责激活多种化学物质（细胞因子），导致液体漏入肺泡。细胞破坏和充满液体的肺泡的结合中断了氧气进入血液的运输。

除了对肺部的影响外，许多病毒还会影响其他器官，并可能导致影响许多不同身体功能的疾病。有些病毒还使人体更容易受到细菌感染；因此，细菌性肺炎常常使病毒性肺炎复杂化。