急性感染

大约20-30％的感染者会出现急性症状。发生这种情况时，通常会在感染后4到12周内出现（但可能需要2周到6个月的时间才会出现急性症状）。

症状通常较轻且模糊，可能包括疲劳，恶心和呕吐，发烧，肌肉或关节疼痛，腹痛，食欲不振和体重减轻，黄疸（约占感染者的25％），深色尿和黏土色大便。  尽管可能发生肝损伤和肝酶升高，但没有证据表明急性丙型肝炎可单独导致急性肝衰竭。 提示肝脏疾病的症状和实验室检查结果应提示进一步检查，从而有助于早期诊断丙型肝炎。

在急性期之后，感染可能会在10％至50％的受影响人群中自发消退。这种情况在年轻人和女性中更常见。

慢性感染

接触病毒的人中约有80％会发展为慢性感染。这被定义为存在至少六个月的可检测到的病毒复制。在感染的最初几十年中，大多数人很少或没有症状。慢性丙型肝炎可能与疲劳和轻度认知问题有关。几年后的慢性感染可能会导致肝硬化或肝癌。肝酶在7–53％正常。据报道明显治愈后的晚期复发，但很难与再感染区分开。

约有一半受感染者会发生肝脏脂肪变化，通常会在肝硬化发生之前出现。 通常（80％的时间），这种变化影响不到三分之一的肝脏。世界范围内的丙型肝炎是导致27％的肝硬化病例和25％的肝细胞癌的原因。大约10％至30％的感染者在30年内发展为肝硬化。 肝硬化在也感染了乙型肝炎，血吸虫或HIV的人群，酗酒者和男性人群中更为常见。在丙型肝炎患者中，过量饮酒会使肝硬化的风险增加100倍。发生肝硬化的人患肝细胞癌的风险增加20倍。每年这种转换的发生率为1-3％。 除感染丙型肝炎外，还感染了乙型肝炎会进一步增加这种风险。

肝硬化可能导致门脉高压，腹水（腹部积水），容易瘀伤或出血，静脉曲张（静脉增大，特别是在胃和食道中），黄疸以及称为肝性脑病的认知障碍综合征。超过半数的慢性感染患者在某个阶段出现腹水。

肝外并发症

由于丙型肝炎但不涉及肝脏的最常见问题是混合型冷球蛋白血症（通常为II型）- 中小型血管发炎。  丙型肝炎也与自身免疫性疾病相关联，例如干燥综合征，扁平苔藓，血小板计数低，性皮肤卟啉迟发性，坏死松解性肢端红斑，胰岛素抵抗，糖尿病，糖尿病性肾病，自身免疫性甲状腺炎，和B-细胞淋巴增生性疾病。 被感染的人中有20-30％患有类风湿因子 -一种抗体。可能的关联包括海德结节性瘙痒和膜增生性肾小球肾炎。 与相关异常心律有关的心肌病也已有报道。已经报道了多种中枢神经系统疾病。慢性感染似乎与胰腺癌的风险增加有关。 人们可能会在口腔中遇到其他问题，例如干燥，唾液管结石和口腔周围结痂性病变。  

隐匿性感染

感染了丙型肝炎的人似乎可以清除病毒，但仍然被感染。该病毒无法通过常规检测发现，但可以通过超敏感检测发现。最初的检测方法是通过在肝脏活检组织中证明病毒基因组，但较新的方法包括先对病毒的核心蛋白进行抗体测试，然后再通过超速离心浓缩病毒颗粒，然后再对病毒基因组进行检测。也有一种感染形式，其血清肝酶持续适度升高，但没有抗丙型肝炎抗体。这种形式称为隐源性隐匿性感染。

几种临床表现被发现与这种类型的感染有关。可能在具有抗丙型肝炎抗体但血清肝酶水平正常的人群中发现；在抗体阴性的人群中，肝酶水平不断升高，原因不明；在没有肝病迹象的健康人群中；以及具有HCV感染风险的人群，包括那些进行血液透析的人群或隐匿性HCV患者的家庭成员。这种感染形式的临床相关性正在研究中。隐性感染的后果似乎不如慢性感染严重，但从最小到肝细胞癌的变化可能很大。

在那些显然治愈的人中，隐匿性感染的比率尚有争议，但似乎较低。 40％的肝炎患者同时具有丙型肝炎血清学阴性和血清中缺乏可检测的病毒基因组，在活检时肝脏中存在丙型肝炎病毒。这种情况在儿童中的发生频率尚不清楚。