本病与多种疾病有相似之处，医生将从多个方面进行详细检查后进行鉴别。

1.蜂窝织炎：蜂窝织炎由金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌等致病菌引起的皮肤和皮下组织弥漫性、化脓性炎症。蜂窝织炎一般没有发热等全身性的症状，表面红肿和疼痛较为明显；而骨髓炎的表面红肿较轻，压痛位置较深，且可通过MR和放射性核素检查显示的病变部位进行鉴别。

2.化脓性关节炎：骨髓炎的病变部位在骨骼两端的干骺端（即膨大部分），而化脓性关节炎的病变是位于关节腔内，表现为关节不能活动、关节间隙有压痛，关节腔内可抽出脓性液体，可与骨髓炎进行鉴别。

3.风湿性关节炎：一般呈游走性的关节疼痛，可以有淋巴结和肝脾肿大。根据临床表现以及抗O实验阳性等实验室检查，与骨髓炎进行鉴别诊断。

4.恶性骨肿瘤：一般起病缓慢，病程较长，一般无明显的疼痛及发热症状，根据临床表现和影像学检查可以进行鉴别。部分病例难以区分，组织病理活检可帮助鉴别。