肝脓肿可产生三类并发症，即血源播散，继发细菌感染及脓肿穿破。常见并发症为脓肿破裂，向邻近脏器穿破。穿入胸腔产生脓胸及胸膜支气管瘘，或穿入腹腔、心包腔；有时还可穿入胃、十二指肠、结肠、肾、胰腺；少数病例可穿入腔静脉、肝静脉、胸导管或腹壁等，亦可发生栓塞以及其他部位形成脓肿。引起肝内血管破裂由胆道排出即胆道出血者少见。