百日咳的典型症状是阵发性咳嗽，吸气性百日咳，晕厥或咳嗽后呕吐。百日咳引起的咳嗽已有文献报道，可引起结膜下出血，肋骨骨折，尿失禁，疝气和椎动脉夹层。剧烈咳嗽可导致胸膜破裂，导致气胸。咳嗽后呕吐或咳嗽时出现呼气声后呕吐几乎使患百日咳的可能性加倍。但是，由于没有阵发性咳嗽或咳嗽后呕吐，几乎没有发生咳嗽的可能性。

该疾病通常始于轻度呼吸道症状，包括轻度咳嗽，打喷嚏或流鼻涕（称为卡他性阶段）。一到两周后，咳嗽通常会演变为无法控制的不适，有时还会随着人试图吸气而发出刺耳的“w”声。在阵发性阶段中，约50％的儿童和成人在确诊的百日咳病例中有时会“跳动”。

百日咳潜伏期3～21天，平均7～10天，典型临床经过分3期。

1.卡他期或称痉咳前期

起病时有咳嗽、打喷嚏、流涕、流泪，有低热或中度发热，类似感冒症状。3～4天后症状消失，热退，但咳嗽逐渐加重，尤以夜间为重。此期传染性最强，可持续7～10天，若及时治疗，能有效地控制本病的发展。

2.痉咳期

卡他期未能控制，患者出现阵发性痉挛性咳嗽，其特点是频繁不间断的短咳10余声，如呼气状态，最后深长呼气，此时由于咳嗽而造成胸腔内负压，加之吸气时，声带仍处于紧张状态，空气气流快速地通过狭窄的声门而发出一种鸡鸣样高音调的吸气声，接着又是一连串阵咳。如此反复发作，一次比一次加剧，直至咳出大量黏稠痰液和呕吐胃内容物而止。痉咳发作前有诱因，发作时常有喉痒、胸闷等不适预兆。痉咳时由于胸腔内压力增加，上腔静脉回流受阻，颈静脉怒张，眼睑及颜面充血水肿，口唇发绀，眼结膜充血，如毛细血管破裂可引起球结膜下出血及鼻出血。有的患者舌向齿外伸，与门齿摩擦，常见有舌系带溃疡。有的患者因阵咳，腹压增高使大小便失禁及出现疝症。婴幼儿和新生儿百日咳症状比较特殊，无典型痉咳，由于声门较小可因声带痉挛和黏稠分泌物的堵塞而发生呼吸暂停，因缺氧而出现发绀，甚至于抽搐，亦可因窒息而死亡。成人或年长儿童，百日咳症状轻，而且不典型，主要表现为干咳，无阵发性痉咳，白细胞和淋巴细胞增加不明显，大多被误诊为支气管炎或上呼吸道感染。

3.恢复期

阵发性痉咳次数逐渐减少至消失，持续2～3周好转痊愈。若有并发肺炎，肺不张等常迁延不愈，可长达数周之久。还可并发百日咳脑病，患者意识障碍、惊厥，但脑脊液无变化。