息肉是错构瘤，病变特征包括黏膜固有层的粘液样扩张和息肉中嗜酸性粒细胞的增加。Cronkhite-Canada综合征可能是免疫介导的，因为它可能对免疫抑制疗法产生反应，并且在某些患者中，息肉的IgG4免疫染色为阳性。

研究表明，CCS与甲状腺功能减退症、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎和硬皮病等自身免疫性疾病间也存在关联。