临床中依据中枢神经系统感染部位的不同，可分为：

①脑炎、脊髓炎或脑脊髓炎：主要侵犯脑和（或）脊髓实质；

②脑膜炎、脊膜炎或脑脊膜炎：主要侵犯脑和（或）脊髓软膜；

③脑膜脑炎：脑实质与脑膜合并受累。

1、病毒性脑炎之间需要相互鉴别：单纯疱疹病毒性脑炎、带状疱疹病毒性脑炎、肠道病毒性脑炎、巨细胞病毒性脑炎、急性播散性脑脊髓炎等相鉴别。

2、此外，病毒性脑炎需要与细菌性脑炎、细菌性脑膜炎、结核性脑炎、新型隐球菌脑炎脑膜炎等相鉴别。

3、脑寄生虫病常呈现地区性的流行特征，常常为食用不卫生的食品或生水而致病，病史较为特殊。血常规的嗜酸性粒细胞可增多，头部的CT、MRI可有特征性的改变，需要与蛛网膜囊肿、脑脓肿、多发性脑转移瘤、多发性腔隙性脑梗死，以及各种脑膜炎及其他病因所致的癫痫相鉴别。