多数的脑部和脊索棘阿米巴(肉芽肿阿米巴脑炎)患者预后较差。

对自由生活阿米巴引起的中枢神经系统感染，用二性霉素B静脉给药，可缓解临床症状，但死亡率仍在95%以上。

酮康唑对原发性阿米巴性脑膜脑炎有时有效，剂量与用法同隐球菌性脑膜炎。四环素、利福平、磺胺嘧啶也有一定效果。一般抗阿米巴药无效。肉芽肿性阿米巴脑炎可试用双脒类衍生物如丙烷脒、戊烷脒等。

也有报告利福平可以治疗病人。戊双脒（pentamidine）合并口服磺胺药有望治愈病人。

阿米巴性角膜炎需局部清创，1％硝基咪康唑、0．1％乙羧基巴龙霉素眼药水或丙烷脒局部应用3～4周。

其他抗真菌和抗阿米巴的眼药诸如洗必泰、聚六甲基双胍、新霉素、多粘菌素B、克霉唑等。

药物治疗无效者可考虑角膜成形术或角膜移植。

皮肤阿米巴病患者则应保持皮肤清洁，同时以戊双脒治疗。