耐格里属阿米巴中致病的主要是福氏耐格里阿米巴（N. fowleri）,往往引起儿童或未成年者的原发性阿米巴性脑膜脑炎（primary amoebic meningoencephalitis,PAME）,自1961年首报至今全世界已有近200例。此病潜伏期为1～7天，早期以上呼吸道症状为主，伴高烧、呕吐，1～2天后即出现脑水肿征象，迅速转入瘫痪、谵妄、昏迷，病人常在1周内死亡。病理切片可见类似细菌性脑膜炎的特征，以中性粒细胞浸润为主，少数为嗜酸性粒细胞、单核细胞或淋巴细胞，宿主组织中仅可检出滋养体而无包囊。

棘阿米巴中的致病种主要是卡氏棘阿米巴（A. castellanii）,感染主要发生在抵抗力低下的人群，例如虚弱、营养不良、应用免疫抑制剂或AIDS病患者。

棘阿米巴引起肉芽肿性阿米巴性脑炎以占位性病变为主。潜伏期较长，脑脊液中以淋巴细胞为主，病灶中滋养体和包囊可同时存在。肉芽肿性改变为其病理特征。棘阿米巴引发的严重、甚至是致死性的脑部感染和被称为“肉芽肿阿米巴脑炎”的脊索感染。一旦发生了此感染，患者会出现头痛、颈部僵硬、反胃呕吐、疲惫、思维混乱、对周围的人和环境缺乏反应、失去平衡感及对身体的控制、癫痫和出现幻觉等症状。病程超过数周，患者通常会死亡。

棘阿米巴引起的阿米巴性皮肤损害主要是慢性溃疡，75％的AIDS病人有此并发症。

棘阿米巴角膜炎的症状与其它许多普通眼部感染症状相似。症状会持续数周至数月，各人所表现出的症状不尽相同，其早期主要表现如下：

• 眼痛

• 眼红肿

• 视力模糊

• 对光敏感

• 眼睛有异物感

• 多泪

眼睛感染棘阿米巴的患者不会觉察到感染在体内的扩散。早期以基质浸润斑、上皮细胞受累的树枝状病损而无明显角膜溃疡形成为特征。

晚期以角膜环状浸润为特征。角膜搔刮物或活检病理检查或培养可找到阿米巴原虫。

反复发作可致角膜溃疡甚至角膜穿孔。