耐格里属阿米巴中致病的主要是福氏耐格里阿米巴（N. fowleri）,往往引起儿童或未成年者的原发性阿米巴性脑膜脑炎（primary amoebic meningoencephalitis,PAME）。

棘阿米巴中的致病种主要是卡氏棘阿米巴（A. castellanii）,感染主要发生在抵抗力低下的人群，例如虚弱、营养不良、应用免疫抑制剂或AIDS病患者。

棘阿米巴可以通过皮肤上的切口、伤口或鼻孔侵入体内而引发扩散性疾患。一旦进入体内，阿米巴会随血流散布于身体各个部位，特别是肺、脑和脊索。引起阿米巴性皮肤损害、阿米巴角膜炎（Amebic Keratitis, AK）和肉芽肿性阿米巴性脑炎（granulomatous amebic encephalitis, GAE）。

鞭毛型阿米巴或滋养体型的阿米巴可侵入鼻腔粘膜增殖，并沿嗅神经通过筛状板入颅内产生致病。

不卫生的镜片护理或戴隐形眼镜是阿米巴角膜炎（Amebic Keratitis, AK）的重要原因。