1、再障PNH：容易与之混淆的原因是47.3%病例也有全血细胞减少，两者的主要鉴别点是再障应该骨髓增生减低，而PNH是骨髓增生活跃(特别是红系)，若骨髓增生减低而又能查出类似PNH的异常红细胞，或是有PNH的临床及实验室所见但骨髓增生低下者，应怀疑是否有疾病的转化或是兼有二病(属再障-PNH综合征)。

2、缺铁性贫血：PNH因长期反复血红蛋白尿而失铁，可伴有缺铁现象，但与缺铁性贫血不同的是补铁后不能使贫血得到彻底纠正。

3、营养性巨幼细胞贫血：因溶血促使骨髓代偿性过度增生，叶酸可能相对不足，造成巨幼细胞贫血，但补充叶酸后并不能彻底纠正本病所致贫血。

4、骨髓增生异常综合征(MDS)：个别PNH患者骨髓象可看到病态造血现象，甚至原始粒细胞轻度增高或在外周血中看到少量原始粒细胞，有些学者甚至将PNH也视为MDS的一种，但据我们观察，PNH的病态造血或原始细胞增多现象系一过性，可以消失，极个别患者可完全变为MDS，另一方面，一些MDS患者也可具有类似PNH的异常血细胞，但其基本特点和疾病的发展仍以MDS为主，很少发生典型的血红蛋白尿或PNH的表现。

5、自身免疫溶血性贫血：个别PNH患者直接抗人球蛋白试验可阳性，另一方面，个别自身免疫溶血性贫血患者的糖水溶血试验可阳性，但经过追查这些试验都可转为阴性，更重要的是这两种病各有自己的临床和实验检查特点，鉴别不困难，此外，在大多数情况下肾上腺皮质激素对自身免疫溶血性贫血的治疗效果远比PNH为好。

6、遗传性球形红细胞增多症：鉴别要点参见自身免疫性溶血性贫血。

7、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症：鉴别要点参见自身免疫性溶血性贫血。

8、阵发性冷性血红蛋白尿：遇冷后出现手足发绀，保暖后好转;冷热溶血试验阳性。