本病诊断有赖于病原体的分离及血清学的检查，基因诊断对于确立该病十分重要。
1、衣原体培养：抽取有波动的淋巴结内的脓液接种于小鼠的脑组织或鸡胚卵黄囊或McCoy细胞（细胞已取代前二者）可分离出病原，但敏感性不高。
2、血清学检查：目前最有帮助的血清学方法是补体结合试验。本试验很敏感，于感染4周后出现阳性，当查到高水平抗体（1：64）时有诊断意义。但本试验对性病性淋巴肉芽肿并无特异性，仍要结合临床进行分析。
3、微量免疫荧光试验及酶联免疫吸附试验，亦已被应用，它们有一定的敏感性和特异性，可用于鉴别及筛选用。
4、基因诊断。
