急性感染

戊型肝炎的平均潜伏期为40天，从2到8周不等。在短暂的前驱期后，症状可能包括黄疸，疲劳和恶心，尽管大多数HEV感染无症状。症状期与肝氨基转移酶水平升高相吻合。在潜伏期中，粪便和血清中可检测到病毒RNA 。血清IgM和IgG 抗体针对HEV的症状即将在临床症状发作之前出现。恢复会导致血液中病毒清除，而病毒在粪便中的存活时间可能会更长。IgM抗体的消失和IgG抗体水平的增加也标志着恢复。

慢性感染

戊型肝炎通常会持续数周然后逐渐自愈，但对于免疫系统较弱的人（尤其是进行了实体器官移植的人）而言，戊型肝炎可能会导致慢性感染。有时，这可能会导致危及生命的疾病，如暴发性肝衰竭或肝硬化。

其他器官

戊型肝炎病毒感染也可能导致其他器官出现问题。对于其中一些报道的疾病，例如肌肉骨骼或免疫介导的表现，这种关系尚不完全清楚，但是对于某些神经系统疾病和血液疾病，这种关系似乎更为一致：

·急性胰腺炎（HEV基因型1）

·神经系统并发症（尽管此时神经损伤的机制尚不清楚。）包括：Guillain-Barré综合征（由于神经受累引起的急性肢体无力），神经系统性肌萎缩症（手臂和肩膀无力，也称为Parsonage-Turner综合征） ），急性横贯性脊髓炎和急性脑膜脑炎。

·肾小球肾炎合并肾病综合征和/或冷球蛋白血症

·混合性冷球蛋白血症，血液中的抗体在低温下反应异常

·严重的血小板减少症（血液中血小板计数低），增加了危险性出血的风险

孕期感染

孕妇的感染过程比其他人群更为严重。据报道，在发展中国家，基因型1和2的戊型肝炎暴发导致肝衰竭，死亡率为20％至25％。除了急性感染的迹象外，对母亲和胎儿的不良影响还可能包括早产，流产，死产和新生儿死亡。

妊娠感染不良后果背后的病理和生物学机制仍不清楚。目前认为病毒复制的增加和激素变化对免疫系统的影响导致感染过程恶化。此外，研究显示在胎盘中病毒复制的证据或报道体外胎盘来源的细胞中完整的病毒生命周期的研究表明，人胎盘可能是肝脏外病毒复制的部位。妊娠中戊型肝炎严重程度的主要原因仍是莫名其妙。