恶性贫血的症状持续缓慢。未经治疗会导致神经系统并发症，严重时甚至会导致死亡。当出现贫血时，许多体征和症状是由于贫血本身引起的。症状可能包括刺痛或其他皮肤感觉（感觉异常），舌头酸痛（舌炎），疲劳和全身无力三联征。有时表现出许多其他常见症状，包括抑郁情绪，低烧，腹泻，消化不良，体重减轻 神经性疼痛，黄疸，口角溃疡（角性唇炎），精疲力竭，嘴唇苍白，脱水或破裂，眼睛周围有黑眼圈，以及指甲变脆以及头发稀疏和早白。由于PA可以影响神经系统，症状可能还包括轻度认知障碍（包括注意力不集中和反应迟钝，俗称脑雾），甚至精神病，排尿障碍，脚感丧失，步态不稳，行走困难等。

贫血还可能导致心动过速（心跳加快），心脏杂音，黄色蜡状苍白，血压改变（低或高）和呼吸急促（称为“叹气”）。 缺乏也可能与甲状腺疾病有关。 在严重的情况下，贫血可能会导致充血性心力衰竭的迹象。 重度慢性PA的并发症是脊髓亚急性合并变性，从而导致远端感觉丧失（后柱），踝关节反射缺失，膝关节反射反应增强和。除贫血外，血液学症状可能还包括血细胞减少症，髓内溶血和假性血栓性微血管病。 恶性贫血可导致儿童身体发育延迟，也可能是导致青春期延迟的原因。