本病需与其它瓣膜疾病进行鉴别，临床上最需要进行鉴别的是三尖瓣发育不全与三尖半瓣缺如：
1、三尖瓣下移畸形多数伴有大量三尖瓣返流,而其它疾病如三尖瓣发育不全，三尖瓣脱垂，外伤，右室发育不全，心内膜炎，三尖瓣环扩张均可引起三尖瓣大量返流,但这些疾病均有各自特点,容易鉴别，但三尖瓣缺如及三尖瓣发育不全与三尖瓣下移畸形具有很多相似之处,需仔细辨认，主要鉴别点是缺如时右室腔扩张而不是发育不全;
2、右室内的隔膜无瓣叶形态及瓣口效应,有助于鉴别，这种鉴别诊断对于外科决定手术方式十分重要，三尖瓣发育不全，在一些病例中，严重扩大的右房及瓣叶及右室壁粘连造成瓣环或瓣叶下移的假象,但多切面仔细辨认无瓣叶下移，右室不狭小反而扩大且无房化右室的矛盾运动可与下移畸形鉴别，X线检查多数患者表现为肺血少，右房及右室明显增大，少数患者肺血正常，右心轻度增大，但X线与心导管均不能显示瓣叶,因而对Ebstein畸形的诊断准确性受限。
