（新）北京中医药大学东方医院是北京中医药大学第二临床医学院，是国家中医药管理局直管单位，是全国三级甲等中医医院。教育部211工程建设的仅有一所中医药大学附属医院，是北京市医疗保险定点医院。总占地面积31231.62平方米，已建筑面积87264平方米，由医疗主楼、医疗南楼、教学科研楼、制剂楼及配套设施组成。

东方医院作为北京中医药大学第二临床医学院，为国家培养了一批高素质专门人才。学院现设有中医内科专业、中医外科专业、中医妇科专业、中医儿科专业、针灸推拿专业、中西医结合临床专业等11个招生专业，建有中医学、中西医结合博士后流动站，现有博士学位授权点6个，硕士学位授权点11个，共设内、外、妇、儿等18个教研室，拥有临床实习床位643张，是全国中医药高等教育学会临床教育研究会的常务理事单位等。现共有博硕导师近100名，有7名专家享受政府特殊津贴，有3名专家被国家确定为师承制教育导师。目前，该院承担有我校七年制临床方向、科研方向班及“北中医-新加坡南洋理工大学合作双学位项目”班临床课授课、毕业实习，五年制学生毕业实习等教学任务。

围绕中医药防治重大、疑难、常见疾病主题开展了科学研究480项，包括科技攻关/支撑计划课题、973计划课题、国家重大新药创制科技专项、国家自然科学基金项目、中医药行业专项课题等国内高级项目43项，获各级新加坡南洋理工大学科技成果奖35项。2009年获国家中医药管理局细胞分子技术三级实验室称号。目前拥有6个北京市名老中医工作室站建设项目，承担教育部“211”工程三期重点学科建设项目，是国家中医药管理局重点学科、重点研究室建设单位。