（新）医院眼病防治中心与同仁医院、北京市眼科研究所、国际防盲指导中心联合，于2001年被确定为丰台区贫困白内障复明术定点医院；2002年国际狮子会“视觉第一，中国行动”白内障复明术定点医院在南苑医院挂牌；眼病防治中心从三级医院引进了栾秀丽主任医师作为学科带头人，开展小切口白内障超声乳化折叠晶体植入术、青光眼—白内障联合手术、视网膜脱离手术、眼底血管荧光造影术、激光眼底治疗术等眼科手术项目。
    医院精神病防治中心以心理测试和开展精神病社区防治为主，现有病床80张。采用先进技术，实行精神病人开放式管理、综合治疗及联络精神医学治疗各类精神病。其中心理测试、心理治疗专家门诊深受患者欢迎。是丰台区仅有一所大型精神病防治中心。
    北京糖尿病教育基地于2004年12月9日在原城南糖尿病教育基地的基础上成立，基地依托北京市糖尿病防治协会、协和、北医专家为技术力量，由内分泌专家杨凯杰主任医师负责基地全面工作。该基地配有时间分辨荧光分析仪、糖化血红蛋白分析仪、彩色超声多普勒和胰岛素泵等设备，以先进的技术诊治糖尿病及合并症。