间歇性外斜视的病因不明，其发生可能与集合和分开间张力不平衡有关。另外，融合功能在维持眼位中起重要作用，而间歇性外斜视患者分开冲动可能过强，超出了其融合功能和范围而导致斜视发生。 

1、发育不完善： 儿童，尤其是婴幼儿双眼单视功能发育不完善，不能很好地协调眼外肌，任何不稳定的因素都能促使斜视的发生。人的单视功能是后天逐渐发育的，这种功能建立与视觉功能一样是反复接受外界清晰物像的刺激，逐渐地发育和成熟起来的。婴儿出生后2个月只有大体融像，精确融像功能的建立要持续到5岁以后，立体视建立最迟，6～7岁才能接近成人。所以说5岁前双眼单视功能未完善期间，是儿童斜视的高发期。

2、先天异常： 这种斜视多由先天眼外肌肉的位置发育异常，眼外肌本身发育异常，中胚叶分化不全，眼肌分离不良，肌鞘异常及纤维化等解剖上的缺陷或支配肌肉的神经麻痹所致。也有的由于生产过程中，使用产钳造成婴儿头面部损伤或母亲生产时用力过度致胎儿颅压升高产生大脑点状出血，而出血刚好在支配眼球运动的神经核处引起眼外肌麻痹。此外，也有遗传因素，斜视眼在家族中遗传不是全体成员，这种缺陷往往是间接遗传到下一代子女身上。一般出生6个月内发生斜视称先天性斜视，它不具备建立双眼视物的基本条件，对视功能的发育危害最大。 

3、眼球发育异常： 由于儿童眼球小，眼轴短，多为远视眼，又因儿童角膜及晶体屈折力大，睫状肌收缩力强，即调节力强。这样的儿童想看清物体就需要更多的调节力，同时双眼也用力向内转产生了过量辐辏，容易引起内斜视，这种内斜视称调节性内斜。 

4、眼球运动中枢控制能力不足：如果集合过强或外展不足或两者同时存在就产生了内斜;相反外展过强，集合不足或者两者同时存在，就产生了外斜。