常发生心力衰竭，栓塞，转移性脓肿和感染性动脉瘤等并发症。
1、心力衰竭：急性感染性心内膜炎患者的二尖瓣和主动脉瓣最易受累，瓣膜损害严重，产生急性瓣膜关闭不全，可出现急性左心功能不全，肺水肿的表现，病变若累及三尖瓣及肺动脉瓣，可出现右心衰的表现，若左、右心瓣膜均受累，可产生全心衰竭的征象。
2、栓塞：若赘生物脱落，带菌的栓子可引起多发性栓塞，最常见的部位脑，肾，脾和冠状动脉，可产生相应临床表现。
3、转移性脓肿：急性感染性心内膜炎的赘生物易脱落，这些带菌的栓子可随血液到达身体的各个部位引起脓肿的形成。
4、感染性动脉瘤：多由于严重的感染，病原微生物侵蚀动脉壁弹性组织，导致动脉的局部扩张，发生于较小动脉的动脉瘤预后较好，发生于较大动脉的动脉瘤一旦破裂预后较差。
