根据临床特征及病理变化，本病诊断不难，临床上损害发展缓慢，边缘呈珍珠状或堤状隆起，一般没有炎症反应，多发生于面部和颈部是其特点，通常早期的基底细胞瘤难与老年性皮脂腺增生，角化棘皮瘤，鳞癌，寻常疣及传染性软疣鉴别，色素性基底细胞瘤有时被误诊为恶性黑素瘤，浅表性基底细胞瘤有时类似湿疹，扁平苔藓，Bowen病等，硬化型基底细胞瘤的质地似局限性硬皮病，最后主要靠组织病理学检查进行诊断和鉴别诊断。