鼻中隔脓肿可由多种原因引起，最常见原因是鼻外伤或鼻中隔术后发生的血肿未及时处理而造成的继发感染，文献报告75%的病人就诊前2周内有外伤史。偶可继发于某些急性传染病，如流行性感冒、猩红热等。

邻近组织感染波及鼻中隔也可引起脓肿，如切牙根感染，鼻小柱或鼻前庭疖肿等。偶可继发于某些急性传染病，如流行性感冒、猩红热等。鼻咽、鼻腔或鼻窦的急性炎症，也有扩散至鼻中隔引起脓肿者。

外伤导致鼻中隔粘软骨膜或粘骨膜分离，黏膜下血管撕裂，以致出血流至潜在空腔隙内积聚，形成血肿，而血肿作为理想的培养基又为细菌提供了理想条件，从而引发感染形成脓肿。鼻中隔血肿或脓肿潴留在鼻中隔骨膜下，其液体压力致鼻中隔软骨与软骨膜分离，导致鼻中隔软骨缺血坏死，甚至骨性鼻中隔也可受累。而鼻中隔术后的患者首先形成鼻中隔血肿，又未能及时引流，然后继发感染而形成脓肿。

使用免疫抑制剂导致机体抵抗力低下者易发生继发感染，引起鼻中隔脓肿。鼻中隔脓肿常见致病菌有:葡萄球菌、β-溶血性链球菌、肺炎球菌、霉菌等，以金黄色葡萄球菌最为常见。

还有报道肾移植后并发鼻中隔脓肿等及急性白血病引起鼻中隔脓肿等。