1、囊肿穿破:肝包虫囊可因外伤或穿刺而破裂。破入腹腔时可误诊为急腹症，有剧烈腹痛伴休克，继而出现过敏症状，因此，肝穿刺在肝包虫病患者应视为严格的禁忌症。包虫囊腔内压力甚高，穿刺后不仅发生囊液外漏、过敏性休克，且可使原头蚴种植于腹腔内而产生继发性包虫囊。囊肿破入肝内胆管，破碎囊皮引起胆管阻塞，每导致胆绞痛与黄疸。

2、感染:约1/5～1/4肝包虫囊有继发感染，感染多来自胆道。肺包虫囊并发感染者亦颇常见。感染可促使包虫死亡，但亦明显加重病情。