虫卵被吞人后在人体肝脏形成棘球蚴囊，少数经肝静脉和淋巴液达肺、心、脑、肾等器官。棘球蚴致病主要是机械性压迫，其次是其囊破坏引起异蛋白过敏反应。随着病变体积逐渐增大，压迫周围组织和细胞逐渐明显，引起病变，影响其功能或压迫邻近脏器产生相应症状。棘球蛐生长缓慢。六钩蚴在肝内沉着后第4天发育至40um大小；第3周直径约250um,可见囊泡；第5个月达1cm,分化为角质层与生发膜。此后每年生长约1cm,一般达10cm才出现症状；20cm才出现囊性包块。从感染到出现症状常需 10年或以上。 肝棘球蚴逐渐长大时肝内阳小管被压迫，并可被包人外囊之中；有时胆小管因正迫坏死，胆汁可经破裂处进人囊腔，使子囊与囊液呈黄色，并可继发细菌感染。

肺细粒棘球蚴囊生长较快，1年可增长4-6cm 。肺棘球蚴可破入支气管，角皮层旋转收缩使内面向外翻，偶可生发层与头节及囊液一起咳出，易并发感染；破入细支气管，空气进人内外囊之间即可呈新月状气带。 大量囊液与头节破人浆膜腔可引起过敏性休克与继发性棘球蚴囊肿。