胃肠炎通常是一种急性且自限性的疾病，不需要药物治疗。在轻度至中度脱水的患者中，首选的治疗方法是口服补液疗法（ORT）。对于从呕吐脱水的危险的儿童，服用单剂量的抗呕吐药胃复安或昂丹司琼，可能是有益的，和丁基东莨菪碱是可用于治疗腹痛。

补液

儿童和成人胃肠炎的主要治疗方法是补液。尽管如果意识水平下降或脱水严重，可能需要静脉输液，但最好通过饮用补液解决。 饮用由复合碳水化合物制成的替代治疗产品（即由小麦或大米制成的替代治疗产品）可能优于基于单糖的替代治疗产品。不建议5岁以下的儿童饮用特别含糖过多的饮料，例如汽水和果汁，因为它们可能会加重腹泻。如果没有更具体的ORT制剂或该人不愿意饮用，可以使用白开水。阿鼻胃管可以在幼儿使用，如果必要的，以管理流体。在那些需要静脉输液的人中，一到四个小时的时间通常就足够了。

饮食

建议继续以常规方式喂养母乳喂养的婴儿，并在用ORT补液后立即继续喂养配方奶粉的婴儿。不含乳糖或乳糖减少的配方通常不是必需的。儿童腹泻期间应继续常规饮食，但应避免高糖饮食。不再推荐使用BRAT饮食（香蕉，大米，苹果酱，烤面包和茶），因为其营养成分不足，对正常喂养没有好处。

已经显示一些益生菌在减少疾病持续时间和减少大便次数方面是有益的。 它们也可用于预防和治疗抗生素相关性腹泻。发酵乳制品（例如酸奶）同样有益。 补充锌似乎对发展中国家儿童的腹泻治疗和预防均有效。

止吐药

止吐药可能有助于治疗儿童呕吐。昂丹西酮具有一定用途，单剂量可减少静脉输液的需求，减少住院次数并减少呕吐。    甲氧氯普胺可能也有帮助。但是，使用恩丹西酮可能与儿童返院率增加有关。如果临床判断有必要，可以口服恩丹西酮的静脉内制剂。 Dimenhydrinate在减少呕吐的同时，似乎没有明显的临床益处。

抗生素

抗生素通常不用于胃肠炎，但是如果症状特别严重或分离出或怀疑是细菌引起的原因时，有时建议使用抗生素。如果要使用抗生素，由于对氟喹诺酮的耐药率更高，因此大环内酯类药物（如阿奇霉素）优于氟喹诺酮。 伪膜性结肠炎，通常是由抗生素的使用引起的，可以通过中断病原体并用甲硝唑或万古霉素治疗来治疗。适合治疗的细菌和原生动物包括志贺氏菌 伤寒沙门氏菌， 和贾第虫属物种。在那些与贾第虫属物种或溶组织内阿米巴，替硝唑治疗建议和优于甲硝唑。 的世界卫生组织（WHO）推荐在谁同时拥有血性腹泻和发烧幼儿使用抗生素。

抗运动药

抗蠕动药在理论上有引起并发症的风险，尽管临床经验表明这种可能性不大，但对于血性腹泻或发烧并发腹泻的人，不建议使用这些药物。 洛哌丁胺，一阿片类似物，通常用于腹泻的对症治疗。不建议儿童使用洛哌丁胺，因为它可能会穿越未成熟的血脑屏障并引起毒性。亚水杨酸铋是三价铋和水杨酸盐的不溶性复合物，可用于轻度至中度病例，但水杨酸盐毒性从理论上讲是可能的。