本综合征的发生首先要有幽门功能丧失或幽门关闭不全的基本条件，如在胃切除或胃肠吻合术后，胆汁可直接返流入胃；某些病人并无手术史，十二指肠内容物可通过关闭不全的幽门返流入胃，引起返流性胃炎。胆囊切除后，储存胆汁的功能丧失，胆汁持续流入十二指肠，如通过关闭不全的幽门而返流入胃，同样可以引起返流性胃炎。

单纯胆汁直接接触胃粘膜一般不引起损害，但可通过其刺激胃酸分泌的作用，胆盐与胃酸结合可增强酸性水解酶的活力，破坏溶酶体膜，溶解脂蛋白而破坏胃粘膜的屏障碍作用，H+逆向弥散增加，进入粘膜和粘膜下层，可刺激肥大细胞而释放组胺，后者又刺激分泌胃酸和胃蛋白酶，最终导致胃粘膜炎症、糜烂、出血。胆汁与胰液混合后，胆汁中的卵磷脂与胰液中的磷酸酯酶A起作用而转化为溶血卵磷脂，如返流入胃，也可造成胃粘膜屏障的损害。

胃泌素可刺激胃粘膜细胞增殖以加强其屏障作用，防止H+的逆向弥散，但在BillrothⅡ式胃切除术后胃泌素分泌减少约50～75%，这可能是本综合征的重要发病原因之一。

胃切除术后胆汁返流入胃是常见现象，但并不是每个人都发生症状，其发病原因还可能与下列因素有关：①胃排空障碍　返流液在胃内滞留时间长，pH升高，残胃中需氧菌及厌氧菌更易生长，这些细菌可使胆盐游离而引起胃粘膜炎症，从而出现症状。②胆酸成分改变Gadacz发现胆酸成分正常者不发生症状，而去氧胆酸明显增高者常有症状。③胃液中存有细菌　有症状患者的胃液中都有革兰氏阴性杆菌或假单胞菌，使用强力霉素可减轻症状；而无症状者的胃液中均无细菌存在。④胃液中钠浓度　钠浓度超过15mmol/L者易发生胃炎，而钠浓度低于15mmol/L者无胃炎。