(1)霍乱：大流行现已少见，多为局部暴发流行，患者有剧烈吐泻，吐泻物呈米泔水样或黄水样，无腹痛，不发热，常迅速出现严重脱水和微循环衰竭，吐泻物直接镜检可见大量呈鱼群样运动的弧菌。

(2)细菌性痢疾：终年均有发病，多见于夏秋季，主要病变是结肠的化脓性炎症，患者呕吐少，常有发热，腹泻伴腹痛，里急后重，左下腹压痛，大便混有脓血，镜检可见红细胞，脓细胞和巨噬细胞，培养有痢疾杆菌生长。

(3)阿米巴痢疾：以散发为主，患者常隐匿起病，腹泻轻重不一，毒血症少，腹痛与里急后重不明显，与真菌性肠炎颇为相似，但粪便与脓血不混合，典型者呈果酱样，腥臭，镜检以红细胞为主，可见吞噬红细胞的阿米巴滋养体和夏科-雷登结晶，乙状结肠镜检见肠黏膜散在溃疡，边缘整齐，充血隆起，溃疡间黏膜正常，溃疡涂片或活检可见滋养体。

(4)伤寒与副伤寒：副伤寒丙可呈胃肠炎型发作，但病程短，预后好，多在3～5天内恢复，伤寒与副伤寒甲，乙以高热，全身毒血症症状为主，可伴有腹痛，但腹泻少，血或骨髓培养有伤寒或副伤寒杆菌生长即可确诊。

(5)局限性肠炎：或称Crohn病，通常病史漫长，有明显发作与缓解交替出现的现象，X线钡餐显示病变以回肠末端为主，有边缘不全的线条状阴影，病变呈节段分布，间以扩张的肠曲，即所谓脱漏征。

(6)溃疡性结肠炎：临床表现为反复发作的腹泻，脓血便，可伴有发热，病变以乙状结肠，直肠最为严重，或累及整个结肠，肠镜检查可见肠黏膜充血，水肿及溃疡形成，黏膜松脆易出血，粪培养无致病菌生长，晚期病例X线钡餐显示结肠袋消失，肠管呈铅管样变化。

(7)难辨梭状芽孢杆菌性肠炎：两者均常出现于应用抗生素治疗之后，难辨梭状芽孢杆菌多引起假膜性肠炎，其特征是结肠黏膜深处坏死性炎症，出现渗出性斑或形成大片假膜，病原学检测可以鉴别。

(8)其他腹泻：过敏性腹泻有进食鱼虾或接触变应原史，既往有类似药物性腹泻有服用泻药史;酶缺乏性腹泻有遗传病家族史，通过详细询问病史，结合粪病原学检查，均不难鉴别。值得注意的是，对于细菌性肠炎和病毒性肠炎，通常以粪标本中找到病原体为主要鉴别依据，而对于真菌性肠炎，即使粪培养有真菌生长，仍难以确诊，因为粪标本很容易被真菌污染，而且，有些真菌属于肠道正常菌群。