1、风湿热：可有发热，心瓣膜损害等症状，有时与本病难于鉴别，凡有器质性心脏病病人有不明原因发热持续一周以上，需考虑本病的可能，风湿热时贫血现象较轻，P-R间期延长较多见，抗风湿治疗有效;而皮肤瘀点，杵状指，脾肿大，血尿，栓塞现象，进行性贫血，血培养阳性及超声心动图瓣膜有赘生物等则见于心内膜炎，有时感染性心内膜炎可与风湿热并存，如经敏感抗生素足量治疗而仍不退热，应疑及合并风湿活动，必要时试行抗风湿治疗。

2、左房黏液瘤：可有发热，栓塞及心脏杂音等;但血培养阴性，无脾肿大，超声心动图可显示肿瘤及其活动图像。

3、脑血管意外：如感染性心内膜炎以脑栓塞为主要表现时，常易忽痈腥拘孕哪谀红斑狼疮，伤寒，结核，布氏杆菌病及恶性肿瘤等相鉴别。

4、此外，感染性心内膜炎还要注意与下列情况疾病鉴别;

(1)发热性疾病如风湿热，系统性红斑狼疮鉴别。

(2)与心脏病并发其他感染鉴别，如风心病，先天性心脏病患者合并肺部，胃肠道或泌尿生殖道感染伴发热。

(3)以发热为主要表现而心脏体征轻微者，需与伤寒，疟疾及结核等疾病鉴别。

(4)与其他原因所致的栓塞进行鉴别：如脑栓塞，需与脑血栓形成，脑卒中等鉴别;肾栓塞，需与肾结石，急性肾小球肾炎等鉴别;肢体动脉栓塞，需与脉管炎鉴别;肠系膜动脉栓塞，需与急腹症鉴别;冠状动脉栓塞，需与冠状动脉粥样硬化或冠状动脉炎等所致的心绞痛，心肌梗死鉴别。