本症主要应与其他原因的肝硬化及糖尿病，慢性肾上腺皮质机能不全症，黑变病等鉴别。

1、皮肤色素沉着

(1)肝硬化患者可出现色素沉着，肝源性糖尿病，临床可酷似HC;但肝硬化患者常有肝炎，营养不良，血吸虫病等病史，HC家族史阴性，肝功损害比HC明显，部分病人肝炎病毒免疫学检查可呈阳性，肝穿结果与HC有明显区别。

(2)慢性肾上腺皮质机能不全症常有明显的色素沉着，易与HC混淆，尤其是个别患者可合并糖尿病则更易误诊为本病，但慢性肾上腺皮质机能不全者一般无肝损害，心脏多缩小，肾上腺皮质功能检查显示低下，皮肤活检无铁质沉积现象，故可予鉴别。(3)黑变病患者常见于中年女性，以面部色素沉着为主，病因不明，可能与日晒，化妆品使用有关，除色素沉着外，无脏器受损，铁质沉积及铁代谢的实验室异常发现。

2、继发性铁负荷过多的疾病相鉴别：本病主要应与继发性铁负荷过多的疾病相鉴别，继发性铁负荷过多，铁主要沉积于Kupffer细胞;但是，严重的铁负荷过多时，原发与继发不易区别。其鉴别要点：

(1)有原发病如再障，铁粒幼贫血，镰状贫血，肾性贫血等。

(2)有长期反复输血史，每次输血500ml，约含血红蛋白65g/L每100g/L血红蛋白中含铁330mg，即有铁215mg被输入，在重型β地中海贫血或慢性再生障碍性贫血等患者，每年约输注12～50单位的血，也就是说每年约输入铁2.5～11.0g，而正常人每天排铁约1mg，在铁负荷过多者可增加铁排出量约3倍，亦即一个成人每年约可排铁1.1g，以输入量减去排出量，再增加肠道吸收铁量，此量已很可观，这些病例经过3～5年的输血,已大大超过正常成人铁储存最高值1.5g。

(3)1986年Bassett等提出：肝铁指数(hepaticironindex)=µmol铁/g肝干重量÷年龄，对鉴别纯合子与杂合子，酒精性肝病与小量铁浓度随年龄增长而增加的鉴别有一定意义，正常时肝铁指数在1.0左右，血色病纯合子均大于2.0，杂合子与酒精性肝病均小于1.8，血色病杂合子比酒精性肝病更低(Summers等，1990)。局部性含铁血黄素沉着症主要发生于肺，肾脏，严重的含铁血黄素沉着可导致缺铁，迟发性皮肤卟啉症(PCT)是一种以卟啉生物合成缺陷为特征的疾患，有时也可伴有实质器官的铁沉积过量，PCT中铁负荷的增高幅度通常不足以引起组织损伤，部分患者则伴有丙型肝炎感染，酒精性肝病可出现组织铁储存增加，并达到HC中所见到的程度，可以进行C282Y等基因检测相鉴别。