与继发性肥胖症鉴别，除外某些内分泌、代谢、遗传、中枢神经系统疾病引起的继发性肥胖或因使用药物所引起的肥胖。从病史、症状体征、化验可以鉴别。主要鉴别点：上述疾病是病理性疾病，单纯肥胖症是生活方式疾病。  

1、内分泌疾病  

甲状腺功能低下垂体及丘脑下部病变、肾上腺皮质功能亢进、男性生殖腺功能低下以及糖尿病患儿均有肥胖表现，但各种内分泌疾病还各有其特点，易于鉴别有关内分泌和代谢的病理改变，不是单纯肥胖症的早期表现，更不是原因。糖耐量曲线，据此可将其与经常在肥胖者身上常见到的功能性高胰岛素血症相区别。如疑及内分泌疾病的可能，可结合病情做内分泌功能检查、头颅X线摄片、眼底检查等。在肥胖儿童中还可见血浆免疫球蛋白、补体C3和C4及淋巴细胞T和B的数目均低于非肥胖儿童，同时可见血浆铜、锌水平处于亚临床水平缺乏经用补充锌和铜的制剂后有所改善。月经初潮在肥胖女孩明显早于同龄非肥胖女孩。  

2、伴有肥胖的综合征  

如Prader-Willi综合征，以肥胖、肌张力低下、矮小、手足均小、智能低下、生殖腺发育不全、斜视等为其主要症状。Laurence-Moon-Biedl综合征有肥胖、智能低下、视觉障碍、指趾畸形等症状。  

3、其他  

当生长障碍或身体活动量少、能量需要减少时亦可发生肥胖，如患骨骼或神经系统疾病时，长期卧床等。