VKC的确切病因尚不明确，通常认为和花粉敏感有关，各种微生物的蛋白质成分、动物皮屑和羽毛等也可能是致敏原。VKC是体液免疫和细胞免疫均参与的超敏反应，即Ⅰ型超敏反应（速发型超敏反应）和Ⅳ型超敏反应（迟发型超敏反应）共同作用。

VKC被认为是一种过敏性疾病，其中IgE介导的机制起作用。这类患者经常有其他特应性疾病的家族病史，例如花粉症，哮喘或湿疹，其外周血显示嗜酸性粒细胞增多和血清IgE水平升高。