由于传染性软疣通常在没有治疗的情况下就可以治愈，而且治疗方案可能会给儿童带来不适，因此最初的建议通常是简单地等待病变自行解决，一项随机对照试验的荟萃分析表明，在短期改善方面，两种治疗方法没有差异，而且没有一种治疗方法明显优于自然缓解的情况。

位于生殖器区域的肿块可以进行治疗，以防止其扩散。当治疗已消除所有肿块时，感染已有效治愈，除非患者再次感染，否则不会再次出现。

药物

对于轻度病例，非处方疣药物（例如水杨酸）可能会缩短感染持续时间。每天局部应用维甲酸乳膏也可能使其消退。

研究发现斑蝥素是一种有效且安全的治疗传染性软疣的药物。尽管轻度的副作用（例如疼痛或水疱）很常见，但这种药物通常具有良好的耐受性。没有关于西咪替丁的高质量证据。然而，口服西咪替丁由于其通常具有良好的耐受性和较低的侵入性而已被用作儿科人群的替代治疗方法。

咪喹莫特

Imiquimodis是一种免疫疗法，最初是在小病例系列和临床试验的基础上提出作为一种治疗软疣的方法，根据美国食品和药物管理局在《儿童最佳药物法案》下的特别要求，这两项法案都证明，在总共702名2-12岁的儿童中，使用咪喹莫特乳膏治疗软疣18周后，每周3次的效果并不比使用安慰剂乳膏更有效，这些尚未公布的试验结果已纳入FDA批准的咪喹莫特处方信息中，该信息指出：“使用限制：2-12岁儿童感染性软疣的疗效未得到证实。”

外科

外科治疗包括外科手术，其中液氮用于冷冻和破坏病变，以及用针尖刮除。施用液氮可能会导致处理部位燃烧或刺痛，在处理后可能会持续几分钟。用液氮，水泡可能会在治疗部位形成，但会在两到四周内脱落。冷冻手术和刮匙刮除可能是痛苦的程序，并可能导致残余疤痕。

疣体夹除术是治疗本病的有效方法。医生会先给皮肤进行常规消毒，然后用镊子将软疣夹破，挤出其内容物最后外涂碘酊等以防细菌感染。

激光

2014年对病例报告和病例系列的系统回顾表明，有限的可用数据表明脉冲染料激光疗法是一种安全有效的治疗传染性软疣的方法，通常儿童能够耐受。脉冲染料激光疗法的副作用包括治疗部位的轻微暂时性疼痛、瘀伤（持续至2-3周），治疗后皮肤暂时变色（长达1-6个月）。没有永久性疤痕的病例报告。但截至2009年，没有证据显示生殖器损伤。