1、血常规

白细胞计数多正常或降低，病情危重者白细胞计数可明显升高。

2、血生化检查

部分病例可有轻度谷丙转氨酶、谷草转氨酶、肌酸激酶同工酶升高，病情危重者可有肌钙蛋白和血糖升高。

3、血气分析

呼吸系统受累时可有动脉血氧分压降低、血氧饱和度下降，二氧化碳分压升高和酸中毒。

4、脑脊液检查

神经系统受累时可表现为外观清亮，压力增高，细胞计数增多，蛋白正常或轻度增高，糖和氯化物正常。

5、病原学检查

鼻咽拭子、气道分泌物、疱疹液或粪便标本中CoxA16、EV71等肠道病毒特异性核酸阳性或分离到肠道病毒可以确诊。

6、血清学检查

急性期与恢复期血清CoxA16、EV71等肠道病毒中和抗体有4倍以上的升高亦可确诊。

7、胸部X线检查

可表现为双肺纹理增多，网格状、斑片状阴影，部分病例以单侧为著。

8、磁共振检查

神经系统受累者可见以脑干、脊髓灰质损害为主的异常改变。